Nedugo prije u Beogradu je na smrt osuđen četnički vođa i ratni zločinac Draža Mihajlović, što je uznemirilo Srbiju. Bilo je potrebno uspostaviti ravnotežu i na hrvatskoj strani. Kad je na suđenju ustaškom pukovniku Erihu Lisaku i nekolicini svećenika otkriveno da je Lisak anonimno i protiv volje Stepinca posjetio Nadbiskupski dvor, državni tužitelj Jakov Blažević dao je uhititi zagrebačkoga nadbiskupa.

Agenti su 18. rujna u 5.30 sati zatekli Stepinca u pripremama za jutarnju misu. Neprestano izložen prijetnjama, nadbiskup je znao o čemu je riječ, pa je mirno rekao:
"Idem s vama. Ako ste žedni moje krivi, eto me!"

Tužitelj Blažević vrlo je brzo iznio složenu optužnicu, što je dokaz da je režim unaprijed pripremio sudski proces. Poslije se saznalo da je Tito već u svibnju 1945. na Bledu zapovijedio UDB-i da prikupi svu potrebnu dokumentaciju o navodnim vezama Stepinca i ustaške vlasti. Cijelu je akciju vodio Aleksandar Ranković, šef svih sigurnosnih službi.

Nadbiskup je već tada prvi put uhićen i zatim pušten. Primio ga je i Tito, koji je tražio da se svećenstvo odvoji od Vatikana i Svetoga Oca. No, Stepinac je to odlučno odbio.

Režim je određeno vrijeme pustio nadbiskupa da slobodno djeluje, pa ga čak pozivao na državne svečanosti. Kako se, međutim, njegov glas protiv komunističkog nasilja nije mogao ušutkati, proces Lisaku bio je samo uvod u unaprijed pripremljen, konačni obračun.

"Optužnica je bila složena više za javnost nego za zakonitost!", priznao je poslije glavni državni tužitelj Josip Hrnčević. Na iskonstruiranom procesu nadbiskup Stepinac osuđen je na dugogodišnju robiju, što je izazvalo ogorčenje katoličkih vjernika i međunarodne javnosti.

Komunistička vlast smatrala je takvu presudu svojom velikom pobjedom, ali je vrijeme pokazalo da se golom silom ne mogu slomiti ni Stepinac niti naklonost Hrvata katoličkoj vjeri.