Na otvorenju znanstvenog skupa pozdravnu riječ uputio je zagrebački nadbiskup kardinal Josip Bozanić rekavši: „Za nas katolike kardinal Alojzije Stepinac je blaženik te vjerujemo uskoro i od Katoličke Crkve proglašeni svetac. Kao vjernike ta nas činjenica potiče da ga nastavimo još dublje upoznavati. Dakle, i vjernički nam je stalo da istinom dopiremo do svega što je njega učinilo dostojnim liturgijskoga čašćenja i primjerom nasljedovanja Isusa Krista. I čim smo snažnije usmjereni na duhovnost, tim smo privrženiji promicanju svakoga pristupa koji čestito iznosi istinu, te smo zahvalni svima koji svojim historiografskim radom i povijesnim istraživanjima pridonose da nadbiskup Stepinac ne bude prepušten proizvoljnim manipulacijama“.

„Danas imamo priliku pobliže promotriti utemeljenost dviju tvrdnja iz govora nadbiskupa Stepinca na suđenju 3. listopada 1946. godine, što ih je iznio govoreći o svome odnosu prema pripadnicima srpskoga naroda. Te su tvrdnje izravno vezane uz vjerske prijelaze, ali se odnose na cjelokupno djelovanje Zagrebačkoga nadbiskupa. Najprije kaže: „Savjest mi je čista, a povijest će jednom reći o tom svoj sud“. Zatim dodaje: „Išlo se na ruku srpskomu narodu s nakanom, da mu se pomogne, kako se dalo i moglo“, dodao je.

Znanstveni skup održava se u četiri dijela.

U prvom dijelu predavali su doc.dr.sc. Ivica Šute sa Filozofskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu na temu „Hrvatska u stoljeću promjena. Od stvaranja prve jugoslavenske države do kraja Drugoga svjetskog rata“ i doc.dr.sc. Tomislav Anić sa Hrvatskog katoličkog sveučilišta u Zagrebu na temu „Stvaranje mita o nadbiskupu Stepincu nakon 1945.“.

U drugom dijelu predavanje su održali dr.sc. Mario Jareb sa Hrvatskog instituta za povijest u Zagrebu na temu „Odnos nadbiskupa Stepinca prema vlastima u NDH“, dr.sc. Milan Koljanin sa Instituta za savremenu istoriju u Beogradu na temu „Nadbiskup Stepinac i odnos prema vlastima u NDH“.

Dr.sc. Radmila Radić sa Instituta za noviju istoriju Srbije u Beogradu održala je predavanje na temu „Alojzije Stepinac i odnos prema Srbima i pravoslavlju“.

Predavanje na temu „Nadbiskup Stepinac i Srpska pravoslavna crkva“ održao je prof.sr.sc. Miroslav Akmadža sa Hrvatskog instituta za povijest Podružnice za povijest Slavonije, Srijema i Baranje u Slavonskom Brodu.

U trećem dijelu znanstvenog skupa, koji započinje u 14.30 sati, predavanje na temu „Državni program vjerskih prijelaza i reakcije nadbiskupa Stepinca i drugih katoličkih predstavnika“ održat će prof.dr.sc. Jure Krišto s Hrvatskog instituta za povijest u Zagrebu i profesor Hrvatskog katoličkog sveučilišta u Zagrebu.

Nakon njegovog predavanja slijedi predavanje doc.dr.sc. Marija Keve s Hrvatskog katoličkog sveučilišta u Zagrebu na temu „Uloga nadbiskupa Stepinca u zbrinjavanju i spašavanju srpske i židovske djece“.

Posljednji blok predavanja, četvrti dio, sastojat će se od zadnja dva predavanja:

Prvo predavanje na temu „Nadbiskup Stepinac i Srbi: istina, laži i manipulacije“ održat će dr.sc. Robin Harris iz Centra za obnovu kulture u Zagrebu.

Posljednje predavanje održat će prof.dr.sc. Juraj Batelja, postulator kauze za proglašenje svetim blaženoga Alojzija Stepinca u Zagrebu, na temu „Nadbiskup Stepinac: suradnja sa Srbima u spašavanju Srba“.

Potom će uslijediti rasprava u kojoj će sudjelovati svi predavači. Znanstveni skup završava u 17.30 sati.

Glazbeni program svečanoga otvorenja izvodio je Pjevački zbor studenata Hrvatskoga katoličkog sveučilišta.